El cultivo bajo sombra, es un sistema de cultivo mediante el cual se utilizan árboles altos que protegen el cultivo, el suelo y animales, conservando las características fisicoquímicas y la temperatura del suelo lo cual genera un cultivo de café de alta calidad, este tipo de cultivo permite el aumento y la preservación de la biodiversidad nativa porque sirve de refugio para plantas y animales, como las aves migratorias que se embarcan en un viaje desde Norteamérica hasta el Neotrópico, muchas de ellas llegaban a las áreas cafeteras de Colombia pero en los años 60 y 90 estas tierras fueron despojadas de bosque por el cultivo sin sombra, lo que produjo que muchas especies de aves migratorias murieran.